Egy komplex raktárkezelő rendszer 3 szintből áll. A legfelső a raktártárhely-kezelő szint, amely az anyag bevételezésért felelős. Ez rögzíti a tárolt anyag minden paraméterét – pozíció, mennyiség, méret stb. – fogadja a raktárkészlettel kapcsolatos kéréseket, de csak adatbázis-műveleteket hajt végre, nincsen kapcsolata semmilyen hardver elemmel. Közvetlen kapcsolata van viszont a felsőbb szintű vállalatirányítási rendszerrel (pl. SAP), ami strukturálisan a raktárkezelő rendszer fölött helyezkedik el.
A legalsó szintet az anyagmozgató eszközök jelentik (szállítópályák, felrakógépek, automata járművek, páternoszterek és egyéb eszközök). Ezen eszközöknek különféle kommunikációs interfészei lehetnek (a leggyakrabban használt szabványos ipari protokollok).
A középső szint, amely összekapcsolja a raktárkezelő rendszert az anyagmozgató eszközökkel, az MFCM (Material Flow Control Management – anyagáramlás vezérlő rendszer). Ez fogadja a szállítási parancsokat a felső interfésztől, és levezényli a szállítást – kezelve az alsó szintű eszközöket és műveleteket (különféle kommunikációs csatornákon, úgy mint OPC, ODBC, TCP/IP, soros port), és ad visszacsatolást a felsőbb interfész (WMS) felé a szállítás befejeztéről. Az MFCM egy szerver alkalmazás, amely Windows 2000/XP Professional, vagy újabb Microsoft operációs rendszereken fut.
Az MFCM felhasználói felületet is nyújt, amely megjeleníti az anyagszállító rendszer aktuális állapotát jól áttekinthető axonometrikus térbeli ábrán (az anyagmozgató eszközök pillanatnyi állapota, pozíciója, érzékelőik); beavatkozási lehetőséget ad a felhasználónak; megjeleníti a rendszer hibaüzeneteit, amelyeket a kezelő nyugtázhat. A hibák és a szállítási események rögzítésre kerülnek, továbbá adatbázisba archiválhatók ODBC segítségével. Az események SQL parancsokkal lekérdezhetők és megjeleníthetők.
A megjelenítő rendszer alap kiépítésben egy önálló PC-n fut a szerver alkalmazással együtt, de kibővíthető úgy, hogy több megjelenítő kliens csatlakozhasson hozzá, illetve úgy, hogy a magyar és angol nyelv mellett más nyelveken is használható legyen. A HMI modul raktárfüggő. Minden raktárnak megvan a maga elrendezése, szállítási rendszere. A vizualizáció tükrözi ezeket a sajátosságokat, és megmutatja a raktár szerkezetét.